Los conflictos limítrofes entre ambos países comenzaron solo cuando se descubrió el valor económico del desierto de Atacama. A fines de la década de 1839 se descubrió guano en la costa, un rico fertilizante muy demandado por los países europeos y, en especial, por el Perú, que lo requería como abono para su agricultura.

El gobierno chileno decidió enviar una comisión exploradora a reconocer las potencialidades de los depósitos de la zona. Las conclusiones terminaron con una ley, el año 1842, que declaraba de propiedad nacional a las guaneras al sur de la bahía de Mejillones (23º de latitud sur), por lo que importaba fijar en esa línea el límite norte del país.

El gobierno, asimismo, comenzó a otorgar permisos a empresarios particulares para cargar guano en las proximidades de Mejillones, es decir, más al norte de la frontera definida, lo que sugería que las pretensiones chilenas no se hallaban totalmente satisfechas. En 1847, las autoridades bolivianas resolvieron interrumpir las faenas realizadas en la zona de Mejillones por empresarios chilenos. El gobierno de Chile respondió enviando tropas a ocupar Mejillones.

En 1866, los gobiernos de Pérez (Chile) y Melgarejo (Bolivia) suscriben un tratado de límites en el que se acoge una fórmula de consenso. Se fijaba como frontera entre ambos países el paralelo 24º -no el 23º que quería Chile ni el 25º que postulaba Bolivia-. Además, se establecía la creación de una zona económica compartida, entre los paralelos 23º y 25º. Los impuestos provenientes de la explotación del guano y minerales se repartirían por partes iguales entre ambos países.

Sin embargo, el mismo año en que se firmó el tratado surgieron nuevas circunstancias que alteraron el panorama. Los mineros chilenos José Santos Ossa y Francisco Puelma obtuvieron una concesión del gobierno boliviano y dieron inicio a la explotación del salitre en el Salar del Carmen. Formaron la Sociedad Explotadora del Desierto de Atacama, antecesora directa de la Cía. de Salitres y Ferrocarriles de Antofagasta. Estos dos nuevos factores de riqueza -salitre y plata- dieron impulso a un proceso masivo de establecimiento de empresas chilenas en territorio boliviano.

El desierto se convirtió en un área que despertó los intereses particulares de ciertos chilenos. Esta situación hizo preocuparse a las autoridades bolivianas, especialmente al gobierno de Hilarión Daza, conocido por su nacionalismo. Poco a poco se llegaba a una situación tensa en extremo.

Mientras tanto, Bolivia y Perú concretaban un tratado secreto el 6 de febrero de 1873. Argentina fue llamada, pero finalmente no lo suscribió. Al mismo tiempo comenzaba a desarrollarse un mayor interés por parte de las autoridades peruanas en las acciones económicas que poseían en el desierto.

A comienzos de 1873 el presidente Pardo del Perú decretó el estanco (estatización) del salitre en Tarapacá. Complementó esta medida con un decreto en el que ordenaba la expropiación de las salitreras, que eran en su mayor parte propiedad de capitalistas chilenos.

En 1874 Chile y Bolivia firman un nuevo tratado de límites, en el que Chile mantuvo el límite en el paralelo 24º, pero renunció a sus derechos a las tierras localizadas al norte de esta línea. Se estableció como condición complementaria que el gobierno boliviano desistiera de gravar con nuevos impuestos a las empresas chilenas localizadas entre los paralelos 23º y 25º durante un período de diez años.

Sin embargo, los problemas continuaron, y en 1878 el presidente Daza estableció un nuevo impuesto a la exportación del Salitre, violando lo acordado con el gobierno chileno. Luego decidió apoderarse de las salitreras chilenas, mientras el gobierno peruano hacía lo mismo en Tarapacá. Estas disputas terminarían provocando la Guerra del Pacífico.

En el proceso de expansión nacional, las intenciones de los nuevos gobiernos chocaron con los intereses de los otros países de la región, vecinos de Chile.

Perú, Bolivia y Argentina entraron en conflictos por el control de distintas zonas geográficas, puesto que también expandían sus territorios en busca de nuevos espacios que poblar, donde pudieran fructificar nuevas actividades económicas.

La historia de nuestras relaciones internacionales está plagada de conflictos bélicos que hicieron de ellas un difícil camino a recorrer.

Con la guerra contra la confederación Perú-Boliviana durante el gobierno de José Joaquín Prieto, nuestro país sufrió su primer conflicto internacional.

En 1835 el presidente de Bolivia, Andrés de Santa Cruz, inspirado en el ideal bolivariano de unidad continental, había logrado ser reconocido como “protector” del Perú. Unió así el núcleo fundamental del antiguo imperio Inca, con el nombre de Confederación Perú-Boliviana.

Portales, que pensaba que Chile debía realizar su desarrollo histórico como unidad distinta y separada del resto, vio en la Confederación una amenaza para nuestro país y, por lo tanto, hizo lo posible para terminar con ella.